Se encuentra localizado en Sushumna nadi y se corresponde también con el punto situado en el entrecejo a nivel de la glándula hipófisis y con el plexo cavernoso. Ajña Chakra cuyo bija mantra es el Om, es la sede de las actividades mentales (manas). La mente enfocada en este centro despierta la intuición -conocimiento directo-, y se libera de la dualidad pues se corresponde con la energía en su estado indiferenciado. La meditación en este centro también produce una progresiva liberación de los samskaras -o impresiones mentales- acumulados. Luego del despertar de Ajña Chakra no hay más nada que buscar, pues no hay ni buscador ni cosa alguna por ser buscada, no hay dualidad alguna que se exprese en términos de experimentador-experimentado. "Aham Brahma Asmi" - "Yo soy Brahman" o más bien "Brahman es" "Lo Absoluto es". Es por ello que se dice que este chakra es el tercer ojo, el ojo de Brahman, pues es todo lo que existe y todo lo que existe es en él. Es una visión holográfica en donde en cada fragmento se encuentra replegada la totalidad. Se trasciende la ilusión de tiempo y espacio.
Ajña Chakra está en estrecha relación con los ojos, el cerebro y sus funciones.